Kota Pekalongan merupakan salah satu kota di wilayah Provinsi Jawa Tengah (terdapat 35 kabupaten/kota di wilayah Provinsi Jawa Tengah, terdiri dari 6 kota dan 29 kabupaten). Luas wilayah Kota Pekalongan adalah sebesar 0,14% dari luas wilayah Provinsi Jawa Tengah. Kota Pekalongan merupakan kawasan pesisir Utara Pulau Jawa dan merupakan salah satu simpul strategis jalur pantai Utara Pulau Jawa karena Kota Pekalongan terletak di pertengahan antara Jakarta dan Kota Surabaya.
Jarak Kota Pekalongan ke Jakarta adalah 384 Km dan jarak Kota Pekalongan ke Kota Surabaya adalah 409 Km. Kota Pekalongan dapat dicapai melalui transportasi darat jalan raya serta jalur kereta api. Aksesibilitas Kota Pekalongan semakin meningkat dengan telah terbangunnya jalur rel ganda kereta api dan diharapkan akan terus meningkat dengan rencana pembangunan jalan tol lintas Pulau Jawa.
Secara historis-morfologis, Kota Pekalongan yang berbentuk linier dengan kecenderungan ke arah Barat dan Timur menandakan kuatnya jalur transportasi regional pantai Utara Pulau Jawa. Dalam perkembangannya bentuk linier kota juga berkembang ke arah Selatan, yang menunjukkan keterkaitan erat Kota Pekalongan dengan kawasan sekitarnya, terutama dengan Kabupaten Pekalongan. Kondisi ini tentunya menjadi keunggulan dan daya tarik yang bersifat geografis alami.