1. Terminal Bus

Terminal Bus di Kota Pekalongan termasuk dalam kategori Type A yang berfungsi melayani arus angkutan penumpang jarak jauh (regional) antar Kota Provinsi (AKAP) dan AKDP (Antar Kota dalam Provinsi) dengan armada bus antar kota antar Provinsi yang tersedia mencapai 82 unit.

2. Stasiun Kereta Api

Stasiun Pekalongan merupakan stasiun kereta api yang terletak di Jl. Gajah Mada Pekalongan. Stasiun ini berada di tempat yang sangat strategis karena persis berada di Jalan Pantura. Stasiun yang termasuk stasiun kelas 1 ini berada di di Daerah Operasi 4 Semarang dan juga mempunyai Sub Dipo lokomotif dan Gudang Logistik.

3. Jalan

Jalan merupakan sarana vital penunjang transportasi memiliki peran penting khususnya untuk transportasi darat. Panjang jalan di Kota Pekalongan pada tahun 2016 mencapai 155,44 km terdiri dari jalan negara sepanjang 10,73 km, jalan provinsi sepanjang 4,22 km dan jalan Kota sepanjang 140,49 km. Jalan negara sepanjang 10,73 km sudah beraspal dalam kondisi baik dan merupakan klas I. Jalan provinsi sepanjang 4,22 km merupakan jalan kelas I dengan jenis jalan beraspal, dan kondisi baik. Jalan Kota yang panjangnya 140,49 km sudah beraspal sepanjang 130,3 km (92,74%) dan yang kondisi jalan baik sepanjang 108,293 km (69,67%).

4. Jalan Tol

Pemerintah Kota Pekalongan, segera membebaskan lahan milik warga Pekalongan seluas 30.000 meter persegi untuk akses "interchange" tol Pemalang-Batang. Interchange ini bertujuan agar akses keluar (exit) tol yang menuju Kota Pekalongan dapat terealisasi. Hal ini dimaksudkan agar pembangunan jalan tol tidak berdampak buruk bagi perekonomian di Kota Pekalongan. Pembangunan jalan tol Pemalang-Batang sudah dimulai tahun 2017 ini. Exit tol ini direncanakan melalui Jalan Ir. Sutami yang langsung terhubung dengan Jalan Pantura dan melewati tiga kelurahan, yaitu Kelurahan Soko Duwet dan Kelurahan Kuripan, Yosorejo, Kecamatan Pekalongan Selatan, serta Kelurahan Kali Baros, Kecamatan Pekalongan Timur.

5. Rencana Jalan Lingkar Utama (Jalingkut Petanglong)

Pemerintah Kota Pekalongan telah mengusulkan Proyek Jalingkut Petanglong ke Kementrian Pekerjaan Umum dan Perumahan Rakyat. Proyek tersebut sudah masuk dalam rencana strategis (renstra) pemerintah pusat hingga 2019 mendatang. Sesuai rencana sebelumnya, Jalingkut Petanglong direncanakan akan memanjang dari Kabupaten Pekalongan hingga Kabupaten Batang sejauh kurang lebih 26 kilometer. Untuk wilayah Kota Pekalongan, trase Jalingkut itu akan memanjang sejauh 6-7 kilometer. Luas lahan di Kota Pekalongan yang akan terkena proyek jalingkut diperkirakan mencapai sekitar 29,2 hektare. Diperkirakan akan ada tujuh kelurahan di Kota Batik yang akan dilewati Jalingkut. Yakni Kelurahan Bandengan, Kandang Panjang, Panjang Baru, Panjang Wetan, Krapyak, Degayu, serta Padukuhan Kraton (eks Kelurahan Pabean).